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최초 설립 당시와는 다르게 연구 및 산학협력 상황, 산학협력단의 [[산학협력단]]의 운영자금, 정부기관및 외부 관련 기관에서의 요구를 제대로 반영 및 수용하지 못하여 급변하는 연구 현장의 변화와 치열한 대학 간 경쟁에 효과적으로 대응하지 못하고 있는 실정이었다.
특히 연구비 중앙관리 인증평가 및 기술지주회사 출범 등으로 산학협력단 조직 내 기능의 조정과 개편이대두되었다. 이에 산학협력단은 조직 운영상의 여러 문제점, 독립법인으로서 장기적인 발전방향, 친연구자 중심의 행정 방향 등을 종합적으로 검토하여 산학협력을 선도하는 효율적인행정조직으로 개편하고자 하였다.<ref>한양대학교 요람 2009-2012</ref>
= 2012년 =
* 2012년 10월 한양학원 정관을 일부(제92조(본부기관)) 개정하여 학술연구처에 [[의학연구지원센터]]를 신설(각 단과대학별로 분산 운영되어 오던 실험동물실의 운영상의 문제가 지속적으로 제기되어, 2012년 8월 1일자로 기존 부설 연구소였던 의학연구지원센터와실험동물실을 통합하여 산학협력단 산하에 의학연구지원센터를 설치)
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