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최초 설립 당시와는 다르게 연구 및 산학협력 상황, 산학협력단의 운영자금, 정부기관및 외부 관련 기관에서의 요구를 제대로 반영 및 수용하지 못하여 급변하는 연구 현장의 변화와 치열한 대학 간 경쟁에 효과적으로 대응하지 못하고 있는 실정이었다.
특히 연구비 중앙관리 인증평가 및 기술지주회사 출범 등으로 산학협력단 조직 내 기능의 조정과 개편이대두되었다. 이에 산학협력단은 조직 운영상의 여러 문제점, 독립법인으로서 장기적인 발전방향, 친연구자 중심의 행정 방향 등을 종합적으로 검토하여 산학협력을 선도하는 효율적인행정조직으로 개편하고자 하였다.<ref>한양대학교 요람 2009-2012</ref>
=기본 방향=
= 2010년 =
* 서울캠퍼스*# : 산학협력실 연구진흥과, 연구지원과, 산학협력팀을 연구진흥과, 행정총괄팀, 연구지원1과, 연구지원2과, 산학협력팀으로 개편*# , 기술이전센터, 창업보육센터(서울)를 두도록 개편
* ERICA캠퍼스*# : 산학협력실의 산학협력팀, 연구지원팀, 공동장비센터는 연구진흥팀, 연구지원팀, 산학지원팀으로 개편*# , 창업보육센터(ERICA), 공동장비센터를 두도록 개편
* 산학협력사업을 위해 한양기술지주회사, 글로벌기업가센터를 두었음
* 2010년 4월 ‘New Hanyang 2010’ 1차 조직 개편 방침에 따라 산학협력단 연구진흥과를 연구진흥팀으로, 연구지원 1/2과를 연구지원 1/2팀으로 변경
* 2010년 7월 산학협력단 내 공동기기원(서울, ERICA)이 신설, 공동장비센터가 폐쇄
* 2010년 8월 증가하는 연구비를 효율적으로 관리하기 위해 서울 연구지원부서를 확대함과 동시에 서울·ERICA 공동기기원 설립으로 인해 ERICA캠퍼스의 산학지원팀을 폐지하고 부서별 일부 업무를 조정
*# 즉 공동기기원으로 업무를 통합 운영하고 ERICA 창업보육센터업무를 ERICA 산학협력팀으로 이관하이관
*# 산학협력부단장 체제로 개편하고 산학협력실장을 폐지(본부 부서가 부처장제로 전환됨에 따라 산학협력단도 동일한 체제로 변경)