행정·자치대학원은 본교 특수대학원이다. 1978년 12월 설립인가를 받아 4개 전공 100명으로 시작한 행정대학원은 눈부신 발전을 거듭하게 된다. 세부 전공과 총 정원이 계속적으로 늘었고, 1995년에는 국내 최초 지방자치분야 특수대학원으로 지방자치대학원의 설립인가를 받는 등 명실상부 국내 최정상급의 행정학 관련 특수대학원으로 성장한 것이다. 2005년엔 행정대학원과 지방자치대학원을 행정·자치대학원으로 통합하면서 현재의 모습을 갖추게 됐다.
역대 원장
- 2005 헌병철
- 2006 박응격
