자연과학연구소는 수학, 물리학, 화학, 생명과학 연구부로 구성된 기초과학연구부와 8개의 부설연구센터로 구성되어 있다.
화학과
- 유기광전자재료연구실 : http://opem.campushomepage.com/index2.asp
- 표면분자과학연구실 : http://smsl.camhome.co.kr/index2.asp
- 분자유전공학연구실 : https://sites.google.com/site/hanyangmgel/
- 나노복합박막연구실 : http://ntfl.hanyang.ac.kr/index2.asp
- 고분자물리화학연구실 : http://micelle.hanyang.ac.kr/new/index.html
- 푸른유기합성연구실 : http://cafe.daum.net/greenchemistry
- 이론화학연구실 : http://charmm.kr/
- 유기합성연구실 : http://osl.hanyang.ac.kr/index2.asp
- 나노환경연구실 : http://ncec.hanyang.ac.kr/
- 유기박막연구실 : http://otfl.hanyang.ac.kr/index2.asp
- 생리활성분자합성연구실 : http://bmsl.hanyang.ac.kr/index2.asp
- 고성능나노재료&소자연구실 : https://sites.google.com/site/thechoigroup1/
- 무기나노화학연구실 : http://inml.hanyang.ac.kr/index2.asp
물리과
- 유기광전자재료연구실 : http://opem.campushomepage.com/index2.asp
- 표면분자과학연구실 : http://smsl.camhome.co.kr/index2.asp
- 분자유전공학연구실 : https://sites.google.com/site/hanyangmgel/
- 나노복합박막연구실 : http://ntfl.hanyang.ac.kr/index2.asp
- 고분자물리화학연구실 : http://micelle.hanyang.ac.kr/new/index.html
- 푸른유기합성연구실 : http://cafe.daum.net/greenchemistry
생명과
- 물환경 생태복원연구실 : http://ecohanyang.com/members_laboratory.html
- 생물다양성연구실 : http://wlee11.wix.com/biodivelab
- 분자생화학연구실 : http://molbiochem.hanyang.ac.kr/
- 식물생명공학연구실 : http://hpbl.dsso.kr/
- 식물신호전달연구실 : https://sites.google.com/site/labofplantsignaltransduction/
- 나노바이오연구실 : https://sites.google.com/site/ypkimlab/