한국대학교육협의회의 평가는 대학종합평가 및 학문 분야 평가로 나누어 이루어지며, 그 결과는 대학평가의 중요한 기준으로 인정을 받아왔다.

대학종합평가

1994년부터 2000년까지의 1주기, 2001년부터 2006년까지 2주기의 평가가 실시
평가영역별로 영역평점을 100점으로 환산하여 환산점수 95점 이상을 획득한 경우 '최우수 대학'으로, 90점 이상 95점 미만을 획득한 경우 '우수 대학'으로 판정

학문종합평가

매년 2,3개의 학문분야를 대상으로 평가를 실시하고 그 결과를 사회에 공표
학문분야 평가는 2009년부터 폐지: 2009년 1월 29일 대학의 자페평가와 결과 공시가 의무화되고, 외부평가인증제가 도입됨에 따라 폐지됨
이 제도 대신 정부가 인정한 '전문분야별 평가 인증기관'이 상시적으로 평가 인증하는 방식이 시행